Саборна Црква Православне епископије нишке, посвећена догађају Силаска Светог Духа на Апостоле једна је од највећих и највреднијих бисера српског градитељства XIX века. Више од пола века била је највећа Црква у Србији. До данашњег дана остала је највећи споменик и симбол ослобођеног Ниша.
Идеја о изградњи новог нишког саборног храма, појавила се по свему судећи половином XIX века, када је катедру нишких архијереја 1848. године заузео митрополит Јоаникије II (1848- 1858). Изградњи катедралне Цркве нишке митрополије претходио је Париски мир 1856. године, према коме Турска на притисак европских сила признаје равноправност хришћанима у Отоманској империји. То је defacto значило да се дозвољава зидање нових и обнова старих Цркава. Митрополит Јоаникије је из Цариграда успео да од султана добије ферман за зидање новог нишког саборног храма, који и према данашњим мерилима има импозантне размере. Већ половином 1856. године, нишка митрополија је потписала уговор са протомајстором Андријом Дамјановим из Велеса, који је требало да „созизда по својој вештини сигурну Цркву, и како план садржава украшену.“
Камен темељац нове Цркве осветио је 18. октобра 1856. године, да би већ на пролеће наредне 1857. године почела изградња. Нишким Турцима ово није било по вољи, па су народу стално давали нове намете у виду пореза. Ипак, зидање Цркве је у почетку ишло брзо, јер су средства за изградњу у великој мери била прикупљена. Према сачуваним документима, први приложник био је сâм митрополит Јоаникије, који је даривао 200 000 гроша.
Због незадовољства турских власти, митрополит Јоаникије је 1858. године протеран из Ниша у Цариград, а патријаршија Велике Цркве на његово место поставила је митрополита Калиника. Због противљења нишких турских старешина, али и због покушаја бугарских егзархијста да на трон нишких митрополита поставе Бугарина, дошао у Ниш тек 3. јула 1860. године. Његово име помињало се на богослужењима, а у административним пословима митрополита је замењивао прота Јован Поповић Иконом пуне две године. Ипак, лично одуство новог нишког митрополита довело је до стагнације у изградњи Цркве. У збирци Историјског архива града Ниша (Varia 572/2), чува се познати проглас свештенства епархије нишке, који је у својству владичанског Епитропа написао прота Јован. Проглас позива народ да помогне наставак подизања нове Цркве, који је највероватније због одсуства новог нишког митрополита заостајао. По свему судећи, овај проглас постигао је жељени циљ. Непосредно пред ослобођење Ниша, децембра 1877. године, Црква је била покривена.
Приликом борби за ослобођење Ниша 1877. године, Црква је већ била покривена. У њој је турска војска чувала наоружање. 13. фебруара 1878. године, на празник светог Симеона Мироточивог, митрополит београдски Михаило осветио је ово предивно здање, уз саслужење нишког владике Виктора и пиротског Евстатија. На освећењу је присуствовао и кнез Милан Обреновић. Он је 1880. године Цркви даривао једно од пет звона; три су даривале побожне Нишлије, а једно је изливено од турских топова.
На горњој галерији налазе се два параклиса; северни, посвећен празнику Рођења светог Јована Крститеља и јужни, посвећен светом Симеону Мироточивом. Епископ нишки Никанор Ружичић 1904. године затворио је стаклом тремове са северне и јужне стране храма и леви праклис посветио светом Апостолу Никанору. Десни параклис, благословом епископа нишког Јована Пурића, посвећен је нишким свештеномученицима.
Храм је живописан тридесетих година ХХ века, руком академског сликара Владимира Предојевића.Првобитни иконостас био је рад београдског дуборезца Луја Капелника, а педесет и четири иконе биле су рад уметника Ђорђа Крстића. 1913. године, поводом прославе 1600 година од доношења Миланског едикта, руски цар Николај Романов даривао је храму скупоцене сасуде. У храму се чувају и мошти светог великомученика Артемија, које је са Свете Горе донео митрополит нишки Виктор Чолаковић Хиландарац. Заједно са њима, у истом кивоту су чуване и мошти светог мученика Елевтерија, које су нестале током Првог светског рата. 1937. године, по пројекту нишког архитекте Алексадра Медведева, на храму је дозидан звоник са часовником. Ктитор звоника био је нишки рентеријер Поликрон Мантић.
Током савезничког бомбардовања 4. априла 1944. године, северна страна храма је тешко оштећена. Залагањем епископа нишког Јована Илића, свештенства и верног народа града Ниша, храм је обновљен у потпуности јуна 1945. године.
12. новембра 2001. године, храм је тешко страдао у пожару. У пожару је изгорео цео иконостас, а куполе храма су се урушиле. Трудом и залагањем епископа нишког Иринеја, а уз помоћ Републике Србије и бројних донатора из земље и иностранства, храм је у потпуности завршен и поново освећен 8. октобра 2006. године.
Стари саборни храм Сабора светих Архангела у Нишу
Храм светих Архангела у Нишу, или Мала Саборна Црква, подигнута је трудом и залагањем двојице нишких митрополита фанариота- Макарија III и Мелетија Мученика. Изградња храма започета је, по свему судећи, пре 1815. године. У прилог овоме сведочи и запис на икони Сабора светих Архангела, која се данас налази на иконостасу у храму. На њему је записано: За време архијерејствовања свепреосвећенеог митрополита нишког Макарија живописано је ових 13 светих икона... а бригом и старањем свепречасних и светих проигумана Хиландара господина Игнатија и господина Јоне, трошком пак и дарежљивим издатком Христољубивих старешина и осталих побожних христијана, залагањем становника овог града; свију њих нека се сети Господ у царству свом.“ Испод натписа на водоравном свитку, исписана је црвеним гримизом 1815. година. Због добрих односа митрополита Макарија III са Хуршид пашом, допуштена је градња храма у Нишу, поменуте 1815. године. У историји је познато, а и археолози су доказали, да се на овом месту налази старији храм из непознатог периода. Чувени нишки прота Јован Поповић Иконом, записао је у свом Служебнику: „Да се знае како се поче нишка Црква да се прави и мало и велико да знае на храм Светом Ранђелу. Кад била стара она изгорела на дан на Три светитеља: у годину чуму како изгоре доксе направи: 6 година бимо без Цркве: како изгоре чума би потом имаше. На месец октомбри 1819.“
Изградња храма је брзо напредовала, а након доласка новог митрополита кир Мелетија, храм је у потпуности завршен и освећен 1819. године. По тадашњим турским законима, Црква није смела да буде висока, па је зато укопана у земљу. Са јужне стране храма, поред пута, подигнут је велики камени зид, да Турци не би имали поглед на храм.
Храм је 1839. године прошире, залагањем нишког митрополита Григорија. Тада је на храму поправљен кров, а дограђени су и тремови са јужне, северне и западне стране. Срушен је и високи зид са јужне стране, који је заклањао поглед на Цркву од очију Турака. По свему судећи, тада су и постављене светогорске иконе на иконостасу из 1815. године.
Храм је делимично руиниран у време Првог светског рата и бугарске окупације Ниша. У то време, храм су користили немачки војници за своје богослужбене потребе. Храм је обновљен тек у време нишког епископа Доситеја Васића 1927. године. Тада су извршени конзерваторско- рестаураторски радови и промењена је читава кровна конструкција. Поправљени храм осветио је 7. новембра 1927. године епископ нишки Доститеј. 23. јула 1947. године, велика поплава која је захватила читав град, поплавила је и мали Саборни храм. Храм је убрзо обновљен, трудом председника Нишке црквене општине господина Јордана Цветковића и владике нишког Јована Илића. Храм је по трећи пут освећен 14. новембра 1948. године, руком епископа нишког Јована.
Последњу обнову храм је доживео у периду од 2001. до 2006. године. Храм је у потпуности живописан, промењен је под у тремовима, очишћен стари иконостас и урађена нова фасада. Храм је освештао по четврти пут епископ нишки Иринеј.